ジル達の活躍によってドルアーガが倒され、塔からも魔物の姿は消えウルク国に一時の平和が戻った。
しかし、ジルはカーヤの裏切りによる傷心のため部屋に引きこもり、ファティナもそんなジルの世話をしながら魔物のいなくなった塔で観光客相手のガイドをして生活費を稼ぐ、どこか満たされない毎日を過ごしていた。
そんなある日、気分転換に訪れた先でジルはカイと名乗る少女に磔にされたカーヤの幻像を見せられる。
その幻はいずれ現実に起きることだと語るカイに導かれ、カーヤの死を阻止しその真意を確かめるため、ジルは再び仲間と共に塔を登る事を決意する。
今、二度目の大冒険が始まる…。